Les Gypaètes Barbus sont très menacés par les intoxications au lindane, à l’aldicarbe et surtout au plomb. La contamination se transmet généralement par l’ingestion de carcasses contaminées mais peut également être d’origine criminelle. Il s’agit généralement d’ongulés sauvages ayant été plombés ou des animaux d’élevage traités aux organophosphorés.

Une veille toxicologique a été mise en place et les cadavres sont systématiquement analysés et autopsiés même si la cause de la mortalité parait évidente. On utilise également d’autres espèces dites « sentinelles », en plus grand nombre et partageant l’aire de répartition du Gypaète : le Vautour Fauve, le Vautour Percnoptère et le Milan Royal. Ils font office d’indicateurs de l’état sanitaire du milieu et les analyses portées sur leurs cadavres permettent d’en savoir davantage sur les menaces liées au poison qui pèsent sur le Gypaète Barbu.

Le PNA prévoit également de faire des recherches pour « garantir que l’usage des produits phytosanitaires (…) sont compatibles avec la sensibilité du Gypaète Barbu. » et promouvoir des produits alternatifs aux antiparasitaires utilisés aujourd’hui comme traitements vétérinaires. Cette lutte contre l’empoisonnement passe aussi par un volet de sensibilisation important : sensibilisation des réseaux d’observateurs, des agents forestiers et des acteurs locaux.