Faire le suivi des oiseaux permet d’estimer l’effectif des populations territoriales et de suivre les jeunes après qu’ils aient quitté le nid de leurs parents.

Des réseaux d’observateurs se sont constitués dans chacun des massifs concernés par l’espèce. Dans les Pyrénées c’est le réseau inter-partenaire Casseur d’Os qui est coordonné par la LPO Mission Rapace et qui réunit près de 350 observateurs. Dans les Alpes, le réseau s’est construit autour de quatre opérateurs : ASTERS et les Parcs Nationaux de la Vanoise, des Ecrins et du Mercantour, auxquels on peut ajouter des associations naturalistes comme la LPO ou CORA. Un moment d’échange a lieu tous les ans à l’occasion du meeting annuel organisé par VCF. En Corse, le suivi est réalisé le PNRC, la VCF et un réseau d’observateur composé de professionnels et de bénévoles.

Dans les Alpes et les Pyrénées, le suivi du Gypaète se fait de manière visuelle grâce aux bagues et aux bandes alaires. Cela permet d’identifier l’oiseau lors des comptages et de suivre les déplacements saisonniers des oiseaux non territoriaux (jeunes erratiques). En Corse aucun programme de marquage n’est en cours mais un atlas a été réalisé pour chaque individu dans le but d’aider les observateurs dans leurs reconnaissances. Des tests de suivis télémétriques et satellitaires sont conduits en Suisse.
On distingue le suivi des couples installés du suivi des jeunes erratiques qui peuvent parcourir plusieurs centaines de kilomètres avant de s’installer quelque part.

Les oiseaux relâchés dans les Grands Causses sont équipés d’une balise GPS de manière à suivre les déplacements des jeunes récemment lâchés et voir s’ils ont décidé ensuite de se fixer dans le massif ou de rejoindre les deux autres sites (Alpes/Pyrénées).

Dans le plan d’action, il est prévu de renforcer le suivi de la reproduction et des perturbations ainsi que de systématiser les prospections des massifs inoccupés mais pouvant a priori accueillir une population de Gypaète.